本发明属于酶解木质素技术领域，公开了一种绿色环保的酶解木质素的提纯方法。本发明方法包括以下步骤：把酶解木质素加入芳香磺酸溶液中，保温搅拌；过滤A，收集滤液；滤液中加入水，过滤B，滤渣洗涤、干燥，得到提纯的酶解木质素。本发明提纯方法与酸析法、碱法、絮凝沉淀法相比，具有提取生产步骤少、价格低、污染少等优点，无大量无机盐废水的产生，是一种清洁环保的提纯方法；芳香磺酸回收方便，可重复利用，使用效率高，成本低，对环境污染少，可大规模商业应用。本发明方法将有助于减少造纸制浆行业对环境的污染和促进可再生资源的利用，降低木质素提取过程中废水废液的排放，进而对促进化学工业绿色化，具有重要的现实意义和社会意义。