本发明公开了一种含聚硅氧烷链段的两嵌段大分子季铵盐及其制备方法与应用。该制备方法包括如下步骤：首先合成一种单端为乙烯基的聚硅氧烷；通过与巯基乙醇进行点击反应，合成单端为羟基的聚硅氧烷；然后单端羟基的聚硅氧烷与2?溴异丁酰溴进行反应合成聚硅氧烷大分子引发剂，继而引发DMAPMA进行ATRP的聚合；最后再使用氯化苄进行季铵化合成含聚硅氧烷链段的两嵌段大分子季铵盐。这种具有两亲性的大分子季铵盐对水稻纹枯病菌菌核具有良好的吸附与渗透能力，从而对菌核的萌发具有良好的抑制作用。