本发明公开了一种聚乙烯亚胺抗菌功能化聚合物及其制备的方法与应用。该制备方法将胍类物质和高分子聚乙烯亚胺在６０℃～１２０℃下反应２ｈ～１２ｈ，控制反应的ｐＨ值，将反应产物进行透析，得到胍盐化聚乙烯亚胺溶液；或者是将胍类物质和高分子聚乙烯亚胺放在的微波合成器中，在６０℃～９０℃下反应１０ｍｉｎ～６０ｍｉｎ，控制反应的ｐＨ值，将反应产物进行透析，得到胍盐化聚乙烯亚胺溶液；将胍盐化聚乙烯亚胺溶液升温，加入环氧化合物，反应，将反应产物进行透析，得到抗菌聚合物溶液。本发明具有制备工艺简单、成本低廉、应用聚合物制得的抗菌纸具有较好的抗菌性能和强度性能等优点，能较好地满足生活用纸和包装用纸等的抗菌要求。