本发明属于化工技术领域，公开了一种水性有机硅改性醇酸树脂及其制备方法。所述水性有机硅改性醇酸树脂由以下按重量份计的组分组成：不饱和脂肪油４０～６０份、多元醇１０～２０份、多元酸１５～３５份、２，２－二羟甲基丙酸５～２０份、有机硅单体２０～３５份、醇解催化剂０．０１０～０．０４０份、酯化催化剂０．０２０～０．０８０份、助溶剂１０～２５份、中和剂４～１５份以及水５０～９０份。本发明所制备的醇酸树脂外观澄清透明，水溶性佳，性能较好，无毒无害，符合环保要求。